La température moyenne est de -38 °C, la ville est située dans les régions de la toundra et de la taïga sibériennes, à proximité du lac Baïkal, le plus grand lac d’eau douce de la planète.
Iakoutsk se trouve à une latitude de 68 °N, ce qui la place sur le même parallèle que Juneau (Alaska) et Denver (Colorado). Elle se trouve également à 800 miles au nord de Moscou, la capitale de la Russie, et se situe sur un plateau à près de 3 miles au-dessus du niveau de la mer.